Мастер, Маргарита Воланд и его свита - Коровьев, Кот Бегемот, Азазелло, Гелла. Герои "ершалаимских глав" - Понтий Пилат, Иешуа, Иуда, Левий Матвей, Марк Крысобой, Афраний Литераторы и критики - Берлиоз, Иван Бездомный, Рюхин Латунский, Желдыбин Работники Варьете - Степа Лиходеев, Варенуха, Римский, Жорж Бенгальский, Соков, Ласточкин Другие герои - Никанор Иванович Босой, Алоизий Могарыч, Доктор Стравинский, Наташа, Семплеяров, Поплавский, Арчибальд Арчибальдович, Николай Иванович (сосед Маргариты), Прохор Петрович (зрелищная комиссия), Анна Ричардовна, Фрида, Барон Майгель, Абадонна, Аннушка, Тузбубен

После гибели Берлиоза под колёсами трамвая Воланд поселяется в «нехорошей квартире» Михаила Александровича, расположенной по адресу: Большая Садовая улица, 302-бис. Сатана и его помощники устраивают в Москве череду розыгрышей и мистификаций: они отправляют в Ялту директора Варьете Стёпу Лиходеева, проводят сеанс чёрной магии, организуют принудительное хоровое пение сотрудников филиала зрелищной комиссии, разоблачают председателя акустической комиссии Аркадия Аполлоновича Семплеярова и театрального буфетчика Андрея Фокича Сокова. Для Ивана Бездомного встреча с Воландом и его приближёнными оборачивается душевным недугом: поэт становится пациентом психиатрической больницы. Там он знакомится с Мастером и узнаёт историю его романа о Понтии Пилате. Написав это произведение, автор столкнулся с миром столичной литературы, в котором отказы печатать сопровождались травлей в прессе и предложениями ударить по «пилатчине». Не выдержав давления, Мастер сжёг рукопись в камине; после ареста и череды испытаний он попал в дом скорби.

Для Маргариты — бездетной тридцатилетней жены очень крупного специалиста и тайной жены Мастера — исчезновение любимого становится драмой. Однажды она признаётся себе, что готова заложить душу дьяволу ради того, чтобы узнать, жив он или нет. Мысли измученной неведением женщины оказываются услышанными, и Азазелло вручает ей баночку с чудодейственным кремом. Маргарита превращается в ведьму и исполняет роль королевы на великом балу сатаны. Её заветная мечта осуществляется: Воланд устраивает встречу Мастера с возлюбленной и возвращает им рукопись сожжённого романа.

Произведение, написанное Мастером, представляет собой историю, начавшуюся во дворце Ирода Великого. К прокуратору Иудеи Понтию Пилату приводят подследственного Иешуа Га-Ноцри, приговорённого Синедрионом к смерти за пренебрежительное отношение к власти кесаря. Беседуя с Иешуа, прокуратор понимает, что перед ним — бродячий философ; его взгляды на истину и мысли о том, что всякая власть является насилием над людьми, интересны Пилату, однако спасти скитальца от казни он не может. Зная, что Иуда из Кириафа получил деньги за то, что разрешил арестовать Га-Ноцри в своём доме, прокуратор поручает начальнику тайной службы Афранию убить предателя. Совмещение двух сюжетных линий происходит в заключительных главах. Воланду наносит визит ученик Иешуа Левий Матвей, который просит наградить Мастера и Маргариту покоем; эта просьба выполняется. Ночью Москву покидает группа летящих всадников; среди них не только мессир и его свита, но и автор романа о Понтии Пилате со своей возлюбленной.